开凿历史可能远至埃及第十二王朝，法老辛努塞尔特三世(Senusret III，其名字即为"苏伊士"一词的来源)为了通过陆行平底船进行直接贸易，下令挖掘了一条"东西方向"的运河，连接红海与尼罗河。一些证据显示这条运河的存在至少持续到公元前13世纪的拉美西斯二世时期，随后运河被荒废。

根据希腊历史学家希罗多德的著作《历史》(The Histories of Herodotus)记载，大约在公元前600年，Necho 二世着手它的重新挖掘工作，但没有完成。

苏伊士运河在公元前250年左右被托勒密二世重新获得。在随后的一千年中被连续改进、摧毁和重建，直到最终于公元8世纪为阿拉伯帝国阿拔斯王朝的哈里发曼苏尔(al-Mansur)废弃。

其后，苏伊士运河被断断续续挖掘和开放，分别在公元前117年罗马时期的图拉真国王和公元640年欧麦尔·伊本·哈塔卜时期两度长时期开放。

18世纪末拿破仑·波拿巴占领埃及时计划建立运河连接地中海与红海。不过由于法国人的错误勘定结果计算出红海的海平面比地中海要高，也就意味着建立无船闸的运河是不可能的，随后拿破仑放弃计划，并在和英国势力的对抗中离开埃及。

法国在拿破仑失败之后，重建法兰西第二殖民帝国，因为在美洲的殖民地失于英国，所以法国重点向东方发展，打通苏伊士运河对法国意义更为重大。1854年和1856年，法国驻埃及领事斐迪南·德·雷赛布(Ferdinand Marie de Lesseps，1805-1894)子爵获得了奥斯曼帝国埃及总督帕夏塞伊德(Said Pasha )特许。帕夏授权雷赛布成立公司，并按照澳大利亚工程师Alois Negrelli制定的计划建造向所有国家船只开放的海运运河。通过对有关土地的租赁，公司可从运河通航起主持营运99年。

1858年12月15日，苏伊士运河公司(Compagnie Universelle du Canal Maritime de Suez)建立。强迫穷苦埃及人穿过沙漠挖掘运河的工作花费了近11年，部分苦力甚至施以鞭笞。工程克服了很多技术、政治和经费上的问题。最终花费高达1860万镑，比最初预算的两倍还多。

运河于1869年11月17日通航，这一天被定为运河的通航纪念日。

1875年，外债迫使帕夏(Said 帕夏的继任者)将运河的股份卖给了英国。1882年，英国骑兵进驻运河，1888年，君士坦丁堡大会公告运河为大不列颠帝国保护下的中立区，规定不论在和平还是在战争期间运河向所有国家的船只开放。此外公约还规定在运河水域里不得有任何敌对行动，并不得在其沿岸修建防御工事。1936年，英国与埃及签订《英埃条约》，英国坚持保留对苏伊士运河的控制权。

1941年2月，德国驻北非远征军司令隆美尔指挥发动了埃及的进攻，准备夺取苏伊士运河。并试图向苏伊士运河投掷炸弹。英国著名魔术师贾斯帕·马斯克林作为特战人员成为英军的一名中尉，主持用探照灯和锡片反射器造成光幕干扰德军飞行员的夜间视野，辅以白天的防空炮火，使得轰炸精度大大下降，保护了苏伊士运河。

1951年，埃及推翻了1936年《英埃条约》，新政府要求英国撤军。1954年英国同意放弃。1956年6月，最后一批英军撤离埃及。

1956年7月26日，埃及总统纳赛尔(Gamal Abdel Nasser)宣布苏伊士运河收归国有。

1956年10月29日，以色列军队入侵埃及，为期一周的苏伊士运河战争( 亦称第二次中东战争)爆发。战争损伤和沉没船只的影响导致了运河被关闭，直至1957年四月在联合国援助下被清理完毕。

1967年，六日战争爆发，其后运河被迫再次关闭。其间，在1973年的犹太赎罪日战争中，运河成为埃及军队横越进入西奈半岛以色列控制区的场所，随后以色列军队跨越运河西渡。1974年起，联合国维和部队入驻西奈半岛。

1975年6月5日，苏伊士运河向海运重开